در راستای گسترش و توسعه باغ وحش تحقیقاتی مصوب پژوهشکده که تنها باغ وحش تحقیقاتی مصوب کشور نیز می باشد در سال ۱۳۸۶اقدام به افزودن چندین گونه از حیوانات گردید. گونه های مختلف جانوران شامل شیرآفریقایی، میمون معمولی و رزوس، گرگ، روباه، اسب، گوزن ایرانی، کل و بزکوهی، قوچ و میش وحشی، خرگوش، انواع مختلف کبوتر، طوطی و طاووس، مرغ شاخدار، مرغ و خروس ژاپنی، انواع مختلف اردک، تمساح پوزه کوتاه منطقه بلوچستان، گربه وحشی، انواع سنجاب، خرس سیاه، کانگورو، کرکس، جبیر، روباه، کبک، نیز دراین مجموعه نگهداری می شوند.از جمله بارزترین گونه های موجود در باغ وحش چاه نیمه می توان به خرس سیاه آسیایی و تمساح پوزه کوتاه ایرانی اشاره نمود. گونه تمساح پوزه کوتاه ایرانی دیگر خزنده منحصر بفردی است که در ایران تنها در رودخانه سرباز و منطقه باهوکلات بلوچستان واقع در منتها الیه جنوب شرق استان سیستان و بلوچستان پراکندگی دارد. در حال حاضر ۳ عدد تمساح پوزه کوتاه با ترکیب جنسی ۲ ماده و ۱ نر در یک استخر مصنوعی آب شیرین در باغ وحش چاه نیمه جهت زاداوری و تکثیر نسل این گونه در معرض تهدید نگهداری می شوند.همچنین خرس سیاه دارای گوشهای نسبتاً بزرگ، موهای بلند و سیاه رنگ است . در وسط سینه لکه سفید به شکل ۳ (هفت) وجود دارد. خرس سیاه در ایران گونه ای در خطر انقراض می باشد و در مناطق مرزی بلوچستان ایران با پاکستان تامیناب و جیرفت پراکندگی دارد که اخیراً یک قلاده توله خرس سیاه پس از سالها در نیک شهر استان سیستان و بلوچستان گزارش گردیده که درحال حاضر نیز جهت اهداف حفاظتی در این باغ وحش نگهداری می شود.